Σκοπός της Παναιτωλοακαρνανικής Συνομοσπονδίας είναι η συντονισμένη δράση για την πραγματοποίηση των κοινών σκοπών των Πατριδοτοπικών Ομοσπονδιών και Συλλόγων του νομού Αιτωλοακαρνανίας και στις τρεις εκφράσεις του, ήτοι τον Συνδετικό, τον Πολιτιστικό και τον Αναπτυξιακό, ως και η επιδίωξη της λύσης των προβλημάτων εκείνων που αφορούν αυτόν σαν σύνολο, όπως π.χ. οικονομική και πολιτιστική ανάπτυξη, ως και εδραίωση της ενότητας της Αιτωλοακαρνανίας.
Η ανάπτυξη στενών δεσμών αλληλεγγύης μεταξύ των Ομοσπονδιών των Πατριδοτοπικών Συλλόγων και των μελών τους και η εξύψωση του πνευματικού ηθικού και πολιτιστικού επιπέδου αυτών.
Η ενιαία κατεύθυνση των προσπαθειών των Ομοσπονδιών των Πατριδοτοπικών Συλλόγων, που ανήκουν στη δύναμη της Συνομοσπονδίας για τη διαχείριση, προαγωγή και προάσπιση των κοινών αυτών σκοπών και επιδιώξεων.
Η συνεργασία και η ενίσχυση της Τοπικής Αυτοδιοίκησης σε θέματα πνευματικά, πολιτιστικά, οικονομικά, αναπτυξιακά, περιβάλλοντος και προάσπισης αρχαιολογικών χώρων και θησαυρών.
Η συνεργασία επίσης με τις επιμέρους επιστημονικές εταιρείες μελετών και τα λοιπά επιστημονικά και πολιτιστικά σωματεία του νομού.